Danny Rose, Raheem Sterling och Callum Hudson-Odoi fick alla ta emot rasistiska tillmälen, bland annat ap-härmande ljud, när de fick bollen på arenan i Podgorica.
Sterling fick revansch på publiken, när han gjorde matchens sista mål. På Twitter skrev han efter matchen: "Bästa sättet att tysta hatarna... (och ja, jag menar rasisterna)".
"Det är en skam"
Till Sky News sade mittfältaren att han är trött på att det inte döms ut tillräckliga straff för rasism på läktarna.
- Det är 2019 nu och det är en skam att se att det här fortsätter hända. Vi spelare kan bara uppmärksamma ropen. Det är dags att de som bestämmer sätter ner foten.
- De kan bötfälla lagen, men vad hjälper det? Man måste få till hårdare straff, bestraffa fansen så att de inte kan gå på matcherna. Göra något som får dem att tänka efter, sade Sterling.
Europeiska fotbollsförbundet (Uefa) startar nu en utredning mot Montenegros fotbollsförbund. Den handlar bland annat om rasistiskt beteende, men även om andra ordningsstörningar under matchen som fyrverkerier och att publiken kastade föremål från läktarna.
Ska stängas av
Montenegros fotbollsförbund (FSCG) säger att de kommer att stänga av de skyldiga på livstid.
"Om utredningen visar att det förekommit rasistiskt beteende kommer vi att göra allt för att identifiera de skyldiga och stänga av dem från alla framtida matcher som FSCG organiserar", skriver förbundet i ett uttalande.
"Det finns ingen plats för sånt här beteende i ett multikulturellt och multietniskt samhälle som Montenegro".
Chelseatalangen Callum Hudson-Odoi, som också drabbades av publikens hån, fick sin tävlingsdebut i den vita landslagströjan förstörd.
- Man försöker njuta av ögonblicket men när man hör sådana saker från åskådarna känns det inte bra. Det är inte acceptabelt, säger 18-åringen, som blev näst yngste engelske spelare att starta en tävlingsmatch.