Om medieuppgifterna om att USA har spionerat på tunga EU-institutioner och EU-länder stämmer, så måste Tysklands förtroende för USA byggas upp på nytt, meddelade talesmannen.
Frankrikes president François Hollande uppmanar USA att genast upphöra med spioneriet på sina EU-allierade.
USA och EU ska inom kort inleda samtal om vad som skulle bli ett historiskt avtal om fri handel över Atlanten. Men dessa förhandlingar är nu i fara, enligt både Hollande och EU:s justitiekommissionär Viviane Reding.
EU-kommissionens ordförande har beordrat en omfattande översyn av säkerheten, uppger en taleskvinna för kommissionen.
President Barack Obama säger att amerikanska myndigheter kommer att tillhandahålla all information kring spionanklagelserna som de europeiska allierade kan tänkas vilja ha.
Tyska utrikesdepartementet ska träffa USA:s ambassadör i Berlin i dag, enligt Seibert, som också uppger att Merkel ska tala med USA:s president Barack Obama om övervakningen i en nära framtid.
Förutom olika EU-organ spionerar USA även på 38 "mål" - ambassader och andra beskickningar, skriver brittiska The Guardian i dag. Bland dem finns Frankrike, Italien och Grekland.
"USA:s säkerhetstjänsts avlyssning av EU-tjänstemäns samtal är ännu ett bevis för den dubbelmoral som råder inom internationell lag och mänskliga rättigheter", säger Konstantin Dolgov, ryska UD:s människorättskommissionär, i ett uttalande på twitter.