De sex domarna var eniga, uppger huvuddomaren David Maraga. Oppositionsledaren Raila Odinga säger att beslutet inte är någon överraskning.
"Det var ett beslut som fattades under tvång. Vi fördömer inte domstolen, vi sympatiserar med den" säger han i ett uttalande.
Kenyatta fick 98,2 procent av rösterna i omvalet i slutet av oktober då rivalen Odinga – som efteråt kallat valet för en bluff – dragit sig ur och uppmanat sina anhängare till valbojkott. Valdeltagandet var 39 procent, enligt valkommissionen.
Det ursprungliga presidentvalet i augusti ogiltigförklarades av högsta domstolen på grund av oegentligheter. Beslutet hyllades internationellt som en möjlighet att fördjupa demokratin, och var en av få segrar för Odinga. Men i stället för en förbättrad politisk situation har splittringen förvärrats, och över 50 personer har dödats i oroligheter sedan dess.
Efter domstolsbeskedet har två personer dött i sammandrabbningar mellan polis och oppositionsanhängare. En sköts till döds i Nairobi medan den andre dödades i Migori.
Bland annat har fordon bränts och polisen har i helgen skjutit tårgas i slumområdet Mathare, ett känt fäste för Odinga, efter det att fyra personer hittats döda på gatan.
Domstolens beslut innebär att Kenyatta kan svära presidenteden igen den 28 november.