Zaghari-Ratcliffe, som förnekar brott, var enligt sin arbetsgivare och sin familj på semester i Iran när hon greps av myndigheterna i fjol.
Men inför ett utskott i det brittiska parlamentet hävdade Johnson förra veckan att Zaghari-Ratcliffe, som har både brittiskt och iranskt medborgarskap, i själva verket utbildat journalister.
I lördags ställdes Zaghari-Ratcliffe åter inför rätta, nu med ytterligare åtalspunkter som kan ge upp till 16 års fängelse om hon fälls. Den iranska domstolsmyndigheten konstaterar i ett uttalande att Johnsons kommentar bevisat att hennes syfte med resan inte var turism.
Boris Johnson, som mötts av uppmaningar att avgå efter uttalandet, ringde sin iranske kollega Mohammad Javad Zarif på tisdagen för att försöka reda ut situationen.
- Min poäng var att jag inte delar den iranska inställningen att utbildning av journalister är ett brott, inte att bekräfta de iranska påståendena att fru Zaghari-Ratcliffe har ägnat sig åt sådan verksamhet, sade Johnson senare inför parlamentet och tillade att det "inte råder några tvivel" om att syftet med Iranbesöket var semester.