De flesta av de omkomna fanns i den lilla staden Atsuma där flera bostadshus förstördes vid ett skred efter skalvet, som inträffade natten till i torsdags lokal tid och hade magnituden 6,6.
Runt nio personer saknas fortfarande.
- Vi har aldrig haft jordskred här, säger Akira Matsushita, som förlorat sin bror i Atsuma.
- Jag trodde inte på det förrän jag såg det med mina egna ögon. När jag såg det förstod jag att ingen kunde överleva, säger han till japanska Tv Asahi.
Runt 40000 räddningsarbetare söker efter överlevande med schaktmaskiner, hundar och 75 helikoptrar, enligt en talesperson för regeringen.
Alla tre miljoner hushåll på den nordliga ön Hokkaido förlorade strömmen vid skalvet, men de flesta ska ha fått tillbaka den enligt landets premiärminister Shinzo Abe.
Regeringen kommer att använda nödfinansiering för att kunna leverera mat, vatten och bränsle för att driva generatorer på sjukhus.
Runt 16000 personer har flyttats till tillfälliga boenden på grund av skalvet. Totalt 31000 hushåll står fortfarande utan vatten.