Frågan är känslig eftersom militärens inblandning i det brottsbekämpande arbetet endast ska vara ett stöd för polisen. Enligt det nya domslutet får nu militären på eget bevåg gripa misstänkta förutsatt att man i efterhand registrerar gripandet hos polisen.
Mexikos väpnade styrkor har upprepade gånger anklagats för kränkningar av mänskliga rättigheter. Men Mexikos underbetalda och föråldrade poliskår klarar inte arbetet mot landets drogkarteller utan militärens hjälp.
De väpnade styrkorna, liksom nationalgardet, kritiseras också för att i många fall gripa misstänkta på lösa grunder då de inte gör några egna utredningar.
Att använda soldater på gatorna för att bekämpa brottslighet har setts som en tillfällig åtgärd för att bekämpa drogkartellerna. 2019 röstade lagstiftarna för att civil polis skulle ta över dessa uppgifter senast 2024.
Men i fjol godkände HD en konstitutionell ändring som gör det möjligt för militären att fortsätta med brottsbekämpande arbete fram till 2028.
President Andrés Manuel López Obradors kritiker menar att han militariserar landet och ignorerar maktdelningen. Presidenten har sagt att han är för att man på obestämd tid använder sig av militären, som han beskriver som mer pålitlig än polisen.