"Om människor blev förolämpade av mitt uttalande, särskilt judar, så ber jag om ursäkt. Jag vill försäkra alla om att det inte var min avsikt att göra det och jag vill återigen visa att jag respekterar den judiska tron, liksom andra monoteistiska religioner", säger han i ett uttalande.
I början av veckan sade Abbas, med hänvisning till ett antal böcker, att fientligheterna mot europeiska judar genom historien inte var ett resultat av deras religion utan av "ocker" och bankverksamhet.
Uttalandet har väckt skarp kritik runt om i världen. Bland annat twittrade Sveriges utrikesminister Margot Wallström (S) att Abbas tal innehöll "oacceptabla yttranden".
"Sådan retorik spelar endast i händerna på dem som inte vill ha en tvåstatslösning, vilken president Abbas upprepade gånger förespråkat", skrev EU:s utrikestjänst i ett uttalande.
Den palestinske presidenten Mahmud Abbas har valts om som ordförande för PLO:s mäktiga verkställande kommitté.
Den väntade utnämningen kom i slutet av ett fyra dagar långt möte med palestiniernas nationella råd i Ramallah på Västbanken, där rådet valde en ny exekutiv kommitté.