Sedan premiärminister Shinzo Abe kom till makten för fem år sedan har 21 människor avrättats i Japan, inklusive Teruhiko Seki och Kiyoshi Matsui som hängdes på tisdagen.
44-årige Seki var dömd för att dödat fyra människor i Chiba, sydöst om huvudstaden Tokyo, när han var 19 år. Enligt lokala medier är det den första avrättningen av en person som begått brott som minderårig sedan 1997. Myndighetsåldern i Japan är 20 år.
69-årige Matsui var dömd för att ha dödat sin flickvän och hennes föräldrar 1994.
- Det rör sig om mycket grymma brott. Jag beordrade avrättningarna efter väldigt noggrant övervägande, säger justitieminister Yoko Kamikawa.
Japan och USA är de enda större i-länderna som tillämpar dödsstraff. Dödsstraffet har stort stöd i Japan, trots påtryckningar från europeiska regeringar och människorättsgrupper om att det bör avskaffas.
Japan har kritiserats för att dödsdömda fångar kan få sitta i isoleringscell i många år, och få beskedet om avrättningen bara timmar innan det ska ske.