De områden där valet skjut upp i två dagar är Homa Bay, Kisumu, Migori och Siaya, meddelade valkommissionens ordförande Wafula Chebukat i samband med att vallokalerna stängde.
Alla de aktuella områdena är starka fästen för den kenyanska oppositionen.
Från Homa Bay har ett dödsfall rapporterats i samband med oroligheter. I staden Kisumu har polisen öppnat eld och en oppositionell demonstrant, en man i 18-årsåldern, uppges ha avlidit av skottskador. Även i Nairobis slum har en demonstrant skjutits ihjäl.
Dagens omval är ett nytt försök för invånarna i Kenya att välja en president. Oppositionsledaren Raila Odinga bojkottar valet och har uppmanat sina anhängare att inte rösta.
Stenkastning och tårgas
Odinga drog sig ur kampen om makten eftersom han ansåg att valkommissionen inte hade vidtagit tillräckliga åtgärder för att säkerställa ett fritt och rättvist val.
I huvudstaden Nairobi har poliser och demonstranter drabbat samman, och i flera städer i västra delarna av landet har demonstranterna spärrat vägar och kastat sten på polisen, som i sin tur svarat med tårgas.
När kenyanerna röstade i början av augusti var det fullt utanför vallokalerna. I dag var köerna betydligt kortare.
- Det är min plikt att rösta. Sist var det kö runt hela kvarteret och jag fick vänta sex timmar. Den här gången är det inte så många här, säger den 26-årige taxichauffören David Njeru, som tagit sig till en vallokal i slumområdet Mathare i Nairobi, till nyhetsbyrån AFP.
Allt starkare spänningar
Omvalet utgör klimax i det politiska drama som inleddes då Kenyas högsta domstol ogiltigförklarade den sittande presidenten Uhuru Kenyattas seger i valet 8 augusti. Spänningarna i landet har sedan dess blivit allt starkare. Oppositionen har utropat sig till en "motståndsrörelse", som även kommer att agera utanför den traditionella politikens ramar, medan regeringen antytt att man kommer att slå ner hårdare mot dem man uppfattar som orosstiftare.
- Jag gissar att regeringen i första hand kommer att hantera situationen genom att till exempel köpa över parlamentariker från oppositionen, för att försöka svälta ut deras rörelse, säger Anders Sjögren, statsvetare vid Nordiska Afrikainstitutet, till TT.
- Men det råder ingen tvekan om att regeringen är beredd att slå till hårt. Huruvida det går mot väpnade konfrontationer beror delvis på hur framgångsrik oppositionsrörelsen blir.
Expert: Kenya spricker
Oppositionsledaren Raila Odingas bojkott innebär att Kenyatta sannolikt har segern som i en liten ask, något som i sin tur öppnar för fortsatta juridiska strider efter valet.
- Valets legitimitet kommer att vara helt delad. Den kommer att vara maximal i regeringens egna fästen, och minimal i oppositionsfästena. Landet spricker politiskt på mitten. Så den här regeringen kommer inte att ha någon legitimitet alls i oppositionens styrkefästen, säger Anders Sjögren.
Bakgrund: Valet i Kenya
Liksom i valet 2013 stod kampen i augusti mellan den nuvarande presidenten Uhuru Kenyatta, i spetsen för partigrupperingen Jubileumspartiet, och Raila Odinga som leder Nationella superalliansen (förkortat Nasa). Valen 2007 och 2013 omgärdades av anklagelser om fusk och Odinga har hävdat att han snuvades på segern vid båda tillfällena.
Efter valet 2007 bröt omfattande oroligheter ut som totalt kom att kosta över 1000 människor livet.
Årets val den 8 augusti var 72-årige Odingas fjärde och troligen sista försök att bli president. Även den här gången förklarade valkommissionen den sittande presidenten Uhuru Kenyatta som vinnare, med 54 procent av rösterna. Men resultatet överklagades och ogiltigförklarades den 1 september på grund av "oegentligheter".
Landets högsta domstol har lagt skulden för problemen på Kenyas valkommission, Independent Elections and Boundaries Commission (IEBC).
