Männen, som båda är 29 år gamla, har anhållits med hänvisning till det som i Danmark kallas terrorparagrafen. De ställs inför häktningsdomare under torsdagen.
Enligt Danmarks Radio ingår de i radikala islamiska kretsar i Danmark och har tidigare förhörts av polisen på grund av kopplingar till Syrienkrigare.
Bakom gripandet ligger ett nära samarbete mellan Köpenhamnspolisen och dansk säkerhetspolis (PET) och det föregicks av en längre tids spaning, skriver Köpenhamnspolisen i ett pressmeddelande.
Männen greps enligt DR på sina respektive arbetsplatser, vilket bekräftas av Copenhagen Business Academy, där läraren undervisar. Samtidigt genomfördes husrannsakningar på fler adresser.
Enligt polisen var männens avsikt att skicka utrustningen till IS i Syrien eller Irak för att den ska kunna användas i stridshandlingar. Männen är därför misstänkta för medverkan till försök till terrorism i utlandet.
Anhållandet har direkt koppling till en utredning om två andra män som är misstänkta för att köpa och skicka vidare drönarutrustning till IS, uppger DR, som hänvisar till flera oberoende källor.
Förra året riktades misstankar mot en man som ska ha köpt drönardelar i Danmark och skickat vidare till en man i Turkiet. Denne man skickade sedan utrustningen vidare från Turkiet till IS.
Cykelhandlaren har under en period varit med i en salafistisk grupp, som velat införa shariazoner i Tingbjerg nordväst om Köpenhamn.