Våldsamheterna inleddes i torsdags när flera muslimer dödats av kristna milismän, enligt källor inom FN. Det ledde till motattacker från en muslimsk milisgrupp som angrep ett flyktingläger vid staden Alindao i de södra delarna av landet. Lägret, där 20000 människor befann sig, sattes i brand.
- Vi har hittills hittat 42 kroppar, men vi letar fortfarande efter fler, säger den lokala politikern Etienne Godenaha till Reuters.
En källa inom en hjälporganisation bekräftar att fler än 40 personer har dödats.
En katolsk präst som saknades efter striderna har hittats död. Prästen påträffades ihjälbränd, enligt den katolska kyrkan.
- Vi hittade hans förkolnade kropp, säger fader Mathieu Bondobo till AFP.
Strider i området är vanliga.
En soldat ur FN:s fredsbevarande styrka Minusca dödades också efter att en militärbas i landets västra delar angripits. Soldaten avled på sjukhus sent på fredagen av sina skador.
En parlamentsledamot som tidigare var ledare inom en kristen milis, så kallade anti-balaka, har lämnats över till Internationella brottmålsdomstolen (ICC) i Haag. Enligt ICC är Alfred Yekatom misstänkt för krigsbrott och brott mot mänskligheten.