Den sydafrikanska valutan, randen, faller nästan 1 procent efter statistiken till 12:67 rand per dollar.
I årstakt växte Sydafrikas ekonomi med 0,8 procent under årets första kvartal. Under fjärde kvartalet i fjol låg tillväxten i årstakt på 1,5 procent.
Analytiker hade i snitt räknat med en BNP-minskning på 0,5 procent jämfört med kvartalet före och en tillväxt på 1,9 procent i årstakt, enligt en Reutersenkät.
Konjunkturnedgången följer på ett fjärde kvartal i fjol med en tillväxt på 3,1 procent.
Jordbrukssektorns produktion rasade med drygt 24 procent under första kvartalet, medan gruvindustrins produktion föll med nästan 10 procent.
Det så kallade tillväxtlandet Sydafrika har befunnit sig i mer eller mindre ekonomisk stagnation sedan finanskrisen. Ekonomin hämmas av statsfinansiella felsteg och korruption, som slår mot framtidstron bland företag och konsumenter.
Framtidstron har dock ökat något sedan Cyril Ramaphosa tillträdde som president tidigare i år, sedan Jacob Zuma tvingats bort i februari.